有机-无机复混肥料与复混肥料一样，在施肥时应考虑土壤、作物和气候等因素。必须指出的是，虽然有机-无机复婚肥料含有相当数量的有机质，具有一定的改土培肥作用和养分控释作用，但其作用有限，与大量施用有机肥作基肥不同，由于施用有机-无机复混肥料时，单位面积农地实际投入的有机质相当少，因此某些土壤要注意有机肥的投入和后期补施化肥等。